Pengelolaan Wisata Bena dikelola oleh Lembaga Pengelola Pariwisata Megalit Bena (LP2MB).

Kelompok ini dibantuk pada 1 Juli 1992 berdasarkan AD/ART yang telah direvisi dan terakhir tertanggal 31 Desember 2022.

Anggota pengelola terdiri dari 9 suku asli kampung Bena dan yang menjabar ketua pengelola saat ini adalah Bapak Emanuel Sebo yang menjabat selama tiga tahun.

Kelompok ini memiliki struktur organisasi dengan beberapa organ. Disamping ketua, wakil ketua, sekretaris dan bendahara, kelompok ini juga memiliki beberapa seksi. Seksi tersebut adalah seksi informasi, pemasaran dan SDM; daya tarik dan pengembangan produk lokal; akomodasi dan penginapan; pembangunan, kebersihan dan keindahan. Dimasing-masing seksi ada beberapa program kerja dibawah naungan kelompok.